Die Organe des ÖRBB sind:

1. Ratsleitung:
  Pröpstin Friederike von Kirchbach, Vorsitzende
  Archimandrit Emanuel Sfiatkos, stellv. Vorsitzender

2. Ratsausschuss:
  Superintendent Christian Voller-Morgenstern, Vorsitzender
  Pfarrer Dr. Matthias Fenski, stellv. Vorsitzender

3. Ökumenisch-missionarisches Institut (ÖMI)

Die Ratsleitung ist das oberste Gremium und berät über die Aufgaben des Ökumenischen Rates Berlin-Brandenburg und trifft die Entscheidungen. Gemäß der Satzung gehören die leitenden Personen der Mitgliedskirchen qua Amt der Ratsleitung an. Der Ratsausschuss führt zwischen den Sitzungen der Ratsleitung ihre Geschäfte und vertritt im Einvernehmen mit dem Vorsitzenden bzw. der Vorsitzenden der Ratsleitung diese nach außen. Er unterstützt und beaufsichtigt die Tätigkeit des ökumenisch-Missionarischen Instituts.

Das Ökumenisch-Missionarische Institut ist als Geschäftsstelle des Ökumenischen Rates Berlin-Brandenburg tätig und führt auch die Geschäfte des Fördervereins für den Ökumenischen Rat Berlin-Brandenburg.

Der Ökumenische Rat Berlin-Brandenburg arbeitet in Gremien, Kommissionen, Ökumenischen Versammlungen, Symposien und in ad hoc Arbeitsgruppen. Die Gremienarbeit ist durch die Satzung des ÖRBB geregelt.

Die Kommissionen des ÖRBB werden in der Regel von der Ratsleitung eingesetzt und erstatten diesem jährlich Bericht oder legen die Arbeitsergebnisse vor. Zur Zeit sind folgende Kommissionen tätig:

Dem Ökumenischer Rat Berlin-Brandenburg angeschlossen sind

Der ÖRBB arbeitet außerdem eng zusammen mit dem Internationalen Konvent christlicher Gemeinden in Berlin und Brandenburg und dem Rat afrikanischer Christen in Berlin und Brandenburg